Os protocolos e resoluções dispõem sobre orientações, diretrizes bem como implementação de políticas sociais.

Protocolo nº 001/2012 - Regimento Institucional da Mesa Nacional de Negociação Permanente do Sistema Único de Saúde - Mnnp-Sus
Protocolo nº 002/2003 - Instalação das Mesas Estaduais e Municipais de Negociação Permanente do SUS.
Protocolo nº 003/2005 - Dispõe sobre a criação do Sistema Nacional de Negociação Permanente do SUS (SiNNP-SUS).
Protocolo nº 004/2005 - Aprova o Processo Educativo em Negociação do Trabalho no SUS e institui diretrizes para sua execução.
Protocolo nº 005/2006 - Dispõe sobre orientações, diretrizes e critérios para aperfeiçoar procedimentos de cessão de pessoal no âmbito do Sistema Único de Saúde - SUS.
Protocolo nº 006/2006 - Aprova as "Diretrizes Nacionais para a instituição de Planos de Carreira, Cargos e Salários no âmbito do Sistema Único de Saúde - PCCS- SUS".
Protocolo nº 007/2007 - Dispõe sobre a implementação da política de desprecarização do trabalho no SUS junto às Mesas e Mecanismos de Negociação no SUS.
Protocolo nº 008/2011 - Institui as diretrizes da Política Nacional de Promoção da Saúde do Trabalhador do Sistema Único de Saúde - SUS.
Protocolo nº 009/2015 - Institui as diretrizes da Agenda Nacional do Trabalho Decente para Trabalhadores e Trabalhadoras do Sistema Único de Saúde (ANTD-SUS).

Guia para a Elaboração de Protocolos da Mesa de Negociação